Diagnosticul molecular este folosit pentru a evidenția prezența acizilor nucleici virali şi oferă posibilitatea detectiei rapide a virusurilor în probele prelevate de la bolnavi fără a necesita izolarea şi cultivarea lor.
Tehnica PCR (Polymerase Chain Reaction sau reacţia de amplificare genică) – este cel mai des utilizat în practică; principiul tehnicii este amplificarea cantitătii de acid nucleic, prin obţinerea unui amestec de catene ADN identice intre ele. Acest lucru se realizează prin actiunea unei enzime denumită ADN-polimeraza, capabilă să sintetizeze noi lanţuri ADN pe un lanţ iniţial care joacă rol de matrită.
Testele PCR pot fi de tip PCR calitativ care dă ca rezultat – pozitiv (acid nucleic viral prezent în proba testată sau negativ (acid nucleic viral absent în proba testată) şi test PCR cantitativ cand măsoară cantitatea de acizi nucleici în proba testată, denumită incărcătură virală.
Există multiple variante ale tehnicii PCR, inclusiv tehnici aplicabile nu numai virusurilor cu genom ADN dar şi celor cu genom ARN, cum este tehnica Rt-PCR (reacţia de amplificare genică precedată de reverstranscriere). În această reacţie ARN viral serveste initial ca matrită pentru sinteza unei catene de ADN complementar (reverstranscrierea), urmand ca apoi acest ADN sa fie amplificat cu ajutorul ADN-polimerazei.

